きちんとした医療機関である鍼灸院であれば通常、使用する鍼やその道具に対し、オートクレーヴ(高圧蒸気滅菌器)などの滅菌を施したのち、紫外線殺菌器などにそれを保管し、使用する際にはアルコールなどで更に消毒をするため、院内における鍼による感染症はまず心配する必要は無いでしょう。